Bisher wurden 269 Pflanzenarten im Naturschutzgebiet Werbeliner See erfasst.
Pflanzen
Im Zuge der bergbaulichen Rekultivierung wurde üblicherweise Saat- und Pflanzgut ausgebracht, vor allem um der Winderosion entgegen zu wirken. Zudem haben sich zahlreiche heimische Pflanzenarten nähstoffarmer Standorte sowie Neophyten (Anteil circa 14 %) angesiedelt.
Aufgrund der jungen Landschaftsentwicklung lassen sich bisher keine „natürlichen“ Pflanzengesellschaften erkennen. Wohin und in welchen Zeithorizonten sich die Flora des Gebietes weiterentwickeln wird, ist von großem wissenschaftlichem Interesse. Auch deshalb ist der Schutz zusammenhängender ungestörter Zonen von zentraler Bedeutung.